リンク

Posted by: kyanobi

●明治大学
大学
農学部
生命科学科

●塩基・アミノ酸配列データベース
DDBJDNAデータバンク
EMBLDNAデータバンク
GenBankDNAデータバンク
INSDC国際塩基配列データベース(DDBJ、EMBL、GenBank)
UniProtKBアミノ酸配列データベース

●ゲノム・プロジェクトとアノテーション
NCBI BioProjectゲノム・プロジェクト
GOLDゲノム・プロジェクト
JGI Genome Projectsゲノム・プロジェクト
BGIゲノム・プロジェクト
TAIRシロイヌナズナのゲノムなどのオミックス情報
1001 Genomesシロイヌナズナの1001系統のゲノム解読プロジェクト
RAP-DBイネのゲノム・アノテーション
Rice Genome Annotation Projectイネのゲノム・アノテーション
Rice Genome Annotation Projectイネのオミックス情報のリンク
The Oryza Map Alignment Project (OMAP)野生イネのゲノム情報
GRAMENEイネ科植物の比較ゲノム情報
Phytozomeポプラ、ダイズなどを含む植物種のゲノム情報
MaizeGDBトウモロコシのゲノム情報
Sol Genomics Network (SGN)トマトのゲノムやEST、ナス科植物のオミックス情報
Kazusa Tomato Genomics Databaseトマトのゲノム情報
Potato Genome Sequencing Consortium (PGSC)ジャガイモのゲノム情報
Medicago truncatula HAPMAP PROJECTタルウマゴヤシのゲノム情報
miyakogusa.jpミヤコグサのゲノム情報
Legume Information System (LIS)マメ科植物の比較地図など
Genome Database for Rosaceae (GDR)モモ、リンゴなどのゲノム情報
IWGSCコムギの物理地図とゲノム解読プロジェクト
Cucurbit Genomics Databaseキュウリのゲノム情報やウリ科のオミックス情報
Cucumber Genome DataBaseキュウリのゲノム情報
International Citrus Genome Consortiumカンキツのゲノム、cDNA、実験リソースなどの情報

●オーソログデータベース
InParanoid7100生物種のオーソログ
OrthoMCL DB138種のゲノムのオーソログ
Plaza23種の緑色植物ゲノムのオーソログ
Plant Gene Family Databaseイネ、ソルガム、トウモロコシ、シロイヌナズナのオーソログ
COGsモデル生物のオーソログ
PGDBj20生物種のオーソログ

●ESTと完全長cDNA
NCBI dbESTINSDCに登録されているEST情報
DFCI Gene IndexESTとunigene
NCBI UniGeneESTとunigene
HarvESTオオムギやコムギ、イネ、ダイズ、カンキツなどのEST
SIGnALシロイヌナズナの完全長cDNA、EST、T-DNA
RARGEシロイヌナズナの完全長cDNA、トランスポゾン変異体
Arabidopsis Full-Length Clone Database Searchシロイヌナズナの完全長cDNA
KOMEイネの完全長cDNA
KOMUGIコムギのcDNA、マーカー、系統
MiBASEトマトのEST、unigene、代謝パスウェイ、発現ネットワーク
KaFTomトマトの完全長cDNAとゲノム・アノテーション
SoyBaseダイズのゲノムなどのオミックス総合データベース
Lotus japonicus EST indexミヤコグサのEST
Cucurbit Genomics Databaseウリ科のEST、代謝パスウェイ、マーカー、遺伝地図など
CAES Genomics Facilityシトラス属、サクラ属、リンゴ、ブドウ、クルミのEST
Poplar full-length cDNA clone Database Searchポプラの完全長cDNA
Cassava Online ArchiveキャッサバのESTとアノテーション
RIKEN-CIAT Cassava full-length clone Database Searchキャッサバの完全長cDNA

●遺伝子発現
Gene Expression Omnibusマイクロアレイなどの遺伝子発現データ
CIBEXマイクロアレイ、SAGEによる遺伝子発現データ
ArrayExpressマイクロアレイ、NGSによる遺伝子発現データ
NCBI Sequence Read Archive (SRA) NGSによる配列情報
ENANGSによる配列情報
DDBJ Sequence Read Archive (DRA)NGSによる配列情報
NASCArraysシロイヌナズナのマイクロアレイ実験データ
TAIR Microarray data from AtGenExpressシロイヌナズナのマイクロアレイ実験データ
ATTED-IIシロイヌナズナの共発現ネットワーク
CSB.DBシロイヌナズナなどの遺伝子の共発現データ
Next-Gen Sequence Databasesイネやシロイヌナズナなどの遺伝子発現データ
OryzaExpressイネの遺伝子発現ネットワークやアノテーション
TOMATO FUNCTIONAL GENOMICS DATABASEトマトのマイクロアレイや代謝産物、small RNAの情報
miRBasemicroRNAの配列やゲノム上の位置、文献など

●代謝パスウェイと質量分析データ
KEGG PATHWAY DatabaseKEGGの代謝パスウェイ情報
MetaCycモデル生物種の代謝パスウェイの統合情報
Plant Metabolic Networkモデル植物の代謝パスウェイの統合情報
TAIR AraCycシロイヌナズナの代謝パスウェイ
RiceCycイネの代謝パスウェイ
GRAMENE Plant Metabolic PathwaysSorghumCyc(ソルガムの代謝パスウェイ)などへのリンク
GRAMENE LycoCycトマトの代謝パスウェイ
SolCycナス科の代謝パスウェイ
KaPPA-View4代謝パスウェイと発現解析の統合情報
BioModels Database生化学と細胞システムの解析モデル
IntActタンパク質相互作用
Reactomeヒトやシロイヌナズナ、イネなどの代謝パスウェイ
Rhea生化学反応の化合物や構造式、反応式など
PRIMeマススペクトルやシステムズ・バイオロジーなど
GOLM METABOLOME DATABASEマススペクトルや化合物など
MassBankマススペクトルやピーク検索、化合物など
KNApSAcKマススペクトルや代謝産物など
BRENDA酵素の名前や構造、基質、代謝産物など
IUBMB酵素のEC番号や機能など

●オントロジー
the Gene OntologyGene Ontology(GO)コンソーシアムのWebサイト
AmiGOGO termと遺伝子産物のアノテーション情報
Plant Ontology Consortium植物の形態、成長などのオントロジー
DAGVizGOのDirected Acyclic Graph情報とビューワー
GOEASTGO termの統計解析ツール


●実験リソースやwebデータベースの情報
Oryzabaseイネの実験リソースや文献、遺伝子などの総合データベース
SHIGEN遺伝資源に関する実験材料リソースやデータベースのリスト
The SABRE DB植物実験リソースの総合データベース
Experimental Plant Divisionシロイヌナズナやポプラなどの実験リソース(cDNAクローンなど)
INRA BRC-MTRタルウマゴヤシのバイオリソース
RevGenUKミヤコグサのバイオリソース
NBRP Legume BaseミヤコグサとダイズのcDNAやバイオリソース

●解析ツールやWebデータベースのリンクなど
Nucleic Acids Research Database Collection主要webデータベースのリンク
Bioinformatics Links Directoryウェブツールなどのリンク
BLASTNCBI BLASTのプログラムとデータベースの入手先
BLATBLAT入手ページ(Executablesのリンクからダウンロード)
EMBL-EBI Bioinformatics servicesタンパク質のモチーフやドメイン検索
NGSLibNGS解析ツールのリンク
SEQanswersNGS解析の情報リソース
SEQanswers wikiNGS解析ツールのリンク
DDBJ Read Annotation PipelineNGSのデータ登録と解析のためのパイプライン
SoftBerryFgeneshなどのツールのリンク
est2genomeアライメント・ツール
Spideyアライメント・ツール
GENSCANab initio遺伝子構造予測プログラム
GeneMarkab initio遺伝子構造予測プログラム
CLUSTER 3.0遺伝子発現解析ツール
Java TreeView階層的クラスタリング結果を表示するツール
Subio Platform商用の発現解析ソフトウェア
GeneSpring GX商用の発現解析・パスウェイ解析ソフトウェア

●PerlとRの提供サイト
The Perl Programming LanguagePerlのダウンロードサイト
BioPerl生物系のためのPerlプログラム
The Comprehensive R Archive Network (CRAN)統計処理ソフトRのパッケージ
BioconductorRで使用できるバイオインフォマティクス・ツール
R-Tips統計処理ソフトRの解説

●統合データベースやその他のサイト
Codon Usage Database生物種別のコドンの使用頻度
KATANAシロイヌナズナ遺伝子のアノテーション情報
統合データベースプロジェクトデータベースの統合化や利用促進のためのプロジェクト
Integbio Database Catalog生命科学系のデータベースのリンク
統合TV主要なデータベースやツールの使用法の紹介など
Allie生命科学分野で使用される用語とその略語
ライフサイエンス辞書プロジェクト生命科学分野の専門用語辞書