リンク

Posted by: kyanobi

●明治大学
大学
農学部
生命科学科
●塩基・アミノ酸配列データベース
DDBJ DNAデータバンク
EMBL DNAデータバンク
GenBank DNAデータバンク
INSDC 国際塩基配列データベース(DDBJ、EMBL、GenBank)
UniProtKB アミノ酸配列データベース
●ゲノム・プロジェクトとアノテーション
NCBI BioProject ゲノム・プロジェクト
GOLD ゲノム・プロジェクト
JGI Genome Projects ゲノム・プロジェクト
BGI ゲノム・プロジェクト
TAIR シロイヌナズナのゲノムなどのオミックス情報
1001 Genomes シロイヌナズナの1001系統のゲノム解読プロジェクト
RAP-DB イネのゲノム・アノテーション
Rice Genome Annotation Project イネのゲノム・アノテーション
Rice Genome Annotation Project イネのオミックス情報のリンク
The Oryza Map Alignment Project (OMAP) 野生イネのゲノム情報
GRAMENE イネ科植物の比較ゲノム情報
Phytozome ポプラ、ダイズなどを含む植物種のゲノム情報
MaizeGDB トウモロコシのゲノム情報
Sol Genomics Network (SGN) トマトのゲノムやEST、ナス科植物のオミックス情報
Kazusa Tomato Genomics Database トマトのゲノム情報
Potato Genome Sequencing Consortium (PGSC) ジャガイモのゲノム情報
Medicago truncatula HAPMAP PROJECT タルウマゴヤシのゲノム情報
miyakogusa.jp ミヤコグサのゲノム情報
Legume Information System (LIS) マメ科植物の比較地図など
Genome Database for Rosaceae (GDR) モモ、リンゴなどのゲノム情報
IWGSC コムギの物理地図とゲノム解読プロジェクト
Cucurbit Genomics Database キュウリのゲノム情報やウリ科のオミックス情報
Cucumber Genome DataBase キュウリのゲノム情報
Citrus Genome Database カンキツのゲノム情報
●オーソログデータベース
InParanoid7 100生物種のオーソログ
OrthoMCL DB 138種のゲノムのオーソログ
Plaza 23種の緑色植物ゲノムのオーソログ
COGs モデル生物のオーソログ
PGDBj 20生物種のオーソログ
●ESTと完全長cDNA
NCBI dbEST INSDCに登録されているEST情報
DFCI Gene Index ESTとunigene
NCBI UniGene ESTとunigene
HarvEST オオムギやコムギ、イネ、ダイズ、カンキツなどのEST
SIGnAL シロイヌナズナの完全長cDNA、EST、T-DNA
RARGE シロイヌナズナの完全長cDNA、トランスポゾン変異体
Arabidopsis Full-Length Clone Database Search シロイヌナズナの完全長cDNA
KOME イネの完全長cDNA
KOMUGI コムギのcDNA、マーカー、系統
MiBASE トマトのEST、unigene、代謝パスウェイ、発現ネットワーク
KaFTom トマトの完全長cDNAとゲノム・アノテーション
SoyBase ダイズのゲノムなどのオミックス総合データベース
Lotus japonicus EST index ミヤコグサのEST
Cucurbit Genomics Database ウリ科のEST、代謝パスウェイ、マーカー、遺伝地図など
Poplar full-length cDNA clone Database Search ポプラの完全長cDNA
Cassava Online Archive キャッサバのESTとアノテーション
RIKEN-CIAT Cassava full-length clone Database Search キャッサバの完全長cDNA
●遺伝子発現
Gene Expression Omnibus マイクロアレイなどの遺伝子発現データ
CIBEX マイクロアレイ、SAGEによる遺伝子発現データ
ArrayExpress マイクロアレイ、NGSによる遺伝子発現データ
NCBI Sequence Read Archive (SRA) NGSによる配列情報
ENA NGSによる配列情報
DDBJ Sequence Read Archive (DRA) NGSによる配列情報
NASCArrays シロイヌナズナのマイクロアレイ実験データ
TAIR Microarray data from AtGenExpress シロイヌナズナのマイクロアレイ実験データ
ATTED-II シロイヌナズナの共発現ネットワーク
CSB.DB シロイヌナズナなどの遺伝子の共発現データ
Next-Gen Sequence Databases イネやシロイヌナズナなどの遺伝子発現データ
OryzaExpress イネの遺伝子発現ネットワークやアノテーション
TOMATO FUNCTIONAL GENOMICS DATABASE トマトのマイクロアレイや代謝産物、small RNAの情報
miRBase microRNAの配列やゲノム上の位置、文献など
●代謝パスウェイと質量分析データ
KEGG PATHWAY Database KEGGの代謝パスウェイ情報
MetaCyc モデル生物種の代謝パスウェイの統合情報
Plant Metabolic Network モデル植物の代謝パスウェイの統合情報
TAIR AraCyc シロイヌナズナの代謝パスウェイ
RiceCyc イネの代謝パスウェイ
GRAMENE Plant Metabolic Pathways SorghumCyc(ソルガムの代謝パスウェイ)などへのリンク
GRAMENE LycoCyc トマトの代謝パスウェイ
KaPPA-View4 代謝パスウェイと発現解析の統合情報
BioModels Database 生化学と細胞システムの解析モデル
IntAct タンパク質相互作用
Reactome ヒトやシロイヌナズナ、イネなどの代謝パスウェイ
Rhea 生化学反応の化合物や構造式、反応式など
PRIMe マススペクトルやシステムズ・バイオロジーなど
GOLM METABOLOME DATABASE マススペクトルや化合物など
MassBank マススペクトルやピーク検索、化合物など
KNApSAcK マススペクトルや代謝産物など
BRENDA 酵素の名前や構造、基質、代謝産物など
ExplorEnz 酵素のEC番号や機能など
●オントロジー
the Gene Ontology Gene Ontology(GO)コンソーシアムのWebサイト
AmiGO2 GO termと遺伝子産物のアノテーション情報
Plant Ontology Consortium 植物の形態、成長などのオントロジー
DAGViz GOのDirected Acyclic Graph情報とビューワー
GOEAST GO termの統計解析ツール

●実験リソースやwebデータベースの情報
Oryzabase イネの実験リソースや文献、遺伝子などの総合データベース
SHIGEN 遺伝資源に関する実験材料リソースやデータベースのリスト
Experimental Plant Division シロイヌナズナやポプラなどの実験リソース(cDNAクローンなど)
INRA BRC-MTR タルウマゴヤシのバイオリソース
RevGenUK ミヤコグサのバイオリソース
NBRP Legume Base ミヤコグサとダイズのcDNAやバイオリソース
●解析ツールやWebデータベースのリンクなど
Nucleic Acids Research Database Collection 主要webデータベースのリンク
Bioinformatics Links Directory ウェブツールなどのリンク
BLAST NCBI BLASTのプログラムとデータベースの入手先
BLAT BLAT入手ページ(Executablesのリンクからダウンロード)
EMBL-EBI Bioinformatics services タンパク質のモチーフやドメイン検索
NGSLib NGS解析ツールのリンク
SEQanswers NGS解析の情報リソース
SEQanswers wiki NGS解析ツールのリンク
DDBJ Read Annotation Pipeline NGSのデータ登録と解析のためのパイプライン
SoftBerry Fgeneshなどのツールのリンク
est2genome アライメント・ツール
Spidey アライメント・ツール
GENSCAN ab initio遺伝子構造予測プログラム
GeneMark ab initio遺伝子構造予測プログラム
CLUSTER 3.0 遺伝子発現解析ツール
Java TreeView 階層的クラスタリング結果を表示するツール
Subio Platform 商用の発現解析ソフトウェア
GeneSpring GX 商用の発現解析・パスウェイ解析ソフトウェア
●PerlとRの提供サイト
The Perl Programming Language Perlのダウンロードサイト
BioPerl 生物系のためのPerlプログラム
The Comprehensive R Archive Network (CRAN) 統計処理ソフトRのパッケージ
Bioconductor Rで使用できるバイオインフォマティクス・ツール
R-Tips 統計処理ソフトRの解説
●統合データベースやその他のサイト
Codon Usage Database 生物種別のコドンの使用頻度
KATANA シロイヌナズナ遺伝子のアノテーション情報
統合データベースプロジェクト データベースの統合化や利用促進のためのプロジェクト
Integbio Database Catalog 生命科学系のデータベースのリンク
統合TV 主要なデータベースやツールの使用法の紹介など
Allie 生命科学分野で使用される用語とその略語
ライフサイエンス辞書プロジェクト 生命科学分野の専門用語辞書