Archive for May 2012

研究内容

Posted by: kyanobi

分子遺伝学的な実験手法はめざましい発展を続けています。これらには、NGSを始めとし、数万種類の遺伝子の発現様式を同時に調査し得るマイクロアレイ、生体内の多数のタンパク質や代謝産物の量を一括して測定し得る質量分析装置などが含まれます。これらの手法から得られる大規模情報はオミックス情報と呼ばれ、ゲノムやトランスクリプトーム(発現遺伝子の集合体)、プロテオーム(タンパク質の集合体)、メタボローム(代謝産物の集合体)などがあります。

近年、Webデータベース上に、オミックス情報が急速に蓄積しています。Web上からオミックス情報を収集・解析することにより、新たな生物学的知見の導出が加速化することは明らかです。ここで、大規模オミックス情報を活用するには、数理統計学やコンピューター・プログラミングの知識とスキルが要求されます。そこで、生物学と情報科学の融合領域として、バイオインフォマティクスと呼ばれる新たな研究分野が、ゲノム解読プロジェクトと共に、発展してきました。
近年のオミックス情報の大規模化は、多様な解析を実現する一方で、解析処理に膨大な計算機リソース(CPU、メモリー、計算時間など)を要求するため、解析そのものを困難としています。大規模化するオミックス情報を活用するためには、汎用的な計算機(たとえば、パーソナル・コンピューターやワークステーション)でも、大規模情報を短時間で処理し得る新たな解析手法の確立が不可欠です。我々のプロジェクトでは、大規模オミックス解析を実現する基盤を世界に先駆けて整備することを目的とし、これまでに、NGSから得られる大規模な遺伝子発現情報の解析システムを構築しました。
また、大規模解析から得られた情報を簡便に抽出するためのシステムとして、Webデータベースが極めて効果的です。当研究室では、これまでに、OryzaExpress、OsMES(イネ)、MiBASE, KaFTom, TOMATOMICS(トマト)、JADB(ウメ)などのデータベースを構築・運営し、大規模なオミックス情報を分かりやすく世界に発信しています。
 
本研究室では、バイオインフォマティクスを専門とする教育・研究を行っています。国内では、依然として、バイオインフォマティクスの知識やスキルをもつ研究者が少なく、専門教育を実施する大学も希有です。学内外の学部学生、大学院生、技術員、 ポスドクを始め、多くの若手研究者の育成を目指しています。進学やPDなどで興味のある方は、矢野までメールをください。

DDBJ遺伝子配列・発現情報の登録・公開

Posted by: kyanobi

  1. Naoki Yamamoto, Tomoyuki Takano, Keisuke Tanaka, Taichiro Ishige, Shin Terashima, Chisato Endo, Takamtisu Kurusu, Shunsuke Yajima, Kentaro Yano, Yuichi Tada (2015) Sporobolus virginicus, ソナレシバのRNA-seqデータ, DRA002969.
  2. Yamamoto, N., Fujiwara, S., Takatsuka, Y., Hirokawa, Y., Tsuzuki, M., Kobayashi, M., Ozaki, S., Suda, K., Asamizu, E., Yokoyama, K., Shibata, D., Tabata, S., Yano, K. (2014) Pleurochrysis haptonemofera EST, 円石藻EST, HX954614 - HX969076 (14463 entries), 2016-01.
  3. RNA-Seq of 9 developmental stages in a fern, Lygodium japonicum, カニクサのトランスクリプトーム・データ, DRA002757, 2015-01-10.
  4. Nakatsuka, A., Nakagawa, T., Abe, R., Yano, K. (2013) Diospyros kaki mRNA. 4,701件のカキ (Diospyros kaki Thunb.) のEST. FY982194 - FY986894 (4,701 entries).
  5. Habu, T., Yamane, H., Igarashi, K., Hamada, K., Yano, K. , Tao, R. (2012) 454-Pyrosequencing of the Transcriptome in Leaf and Flower Buds of Japanese Apricot (Prunus mume Sieb. et Zucc.) at Different Dormant Stages. ウメ・トランスクリプトーム配列 (454シーケンサー). DDBJ Sequence Read Archive (study: DRP000532, samples: DRS001305 - DRS001314, experiments: DRX001359 - DRX001369, runs: DRR001898 - DRR001908).
  6. Ogihara, Y., Kawaura, K., Manickavelu, A., Suzuki, A., Abe, R., Nagayama, T., Sutton, T., Kohara, Y., Shin-I, T., Yano, K. (2012) Triticum aestivum cDNA, clone. 211,921件のコムギの芽生え地上部 (shoot) , 根, 葉, 芽生えに由来するEST登録. Acc. HX000001 - HX201765, HX247045 - HX257200 (211,921 entries).
  7. Fujii, S., Toda, T., Kikuchi, S., Suzuki, R., Yokoyama, K., Tsuchida, H., Yano, K., Toriyama, K. (2011) Transcriptome map of plant mitochondria reveals islands of unexpected transcribed regions. CIBEX Accession : CBX156.
  8. Aoki, K., Yano, K., Suzuki, A., Suda, K., Suzuki, T., Sakurai, N., Suzuki, H., Takahashi, H., Watanabe, Y., Arie, T., Ichinose, Y., Kodama, M., Ezura, H., Shibata, D. (2009) Solanum lycopersicum cDNA. 10,959件のトマト完全長cDNAの登録. Acc. AK319176 - AK330134 (10,959 entries).
  9. Aoki, K., Yano, K., Suzuki, A., Suda, K., Suzuki, T., Kurabayashi, A., Sato, Y., Yazawa, K., Satoh, S., Kikuchi, M., Fukushima, S., Okabe, A., Arie, T., Ezura, H., Shibata, D. (2009) Solanum lycopersicum cv Micro-Tom root Solanum lycopersicum cDNA clone. 矮性トマト品種マイクロトムの根に由来するEST登録. Acc. FS179211 - FS206426 (27,216 entries).
  10. Nakagawa, T., Nakatsuka, A., Yano, K., Yasugahira, S., Nakamura, R., Sun, N., Itai, A., Suzuki, T., Itamura, H. (2008) Diospyros kaki ovary and young fruit pre-flowering to post-flowering stages Diospyros kaki cDNA clone KA003_C11 5', mRNA sequence. カキ品種サイジョウのEST. Acc. DC583395 - DC592851 (9,457件).
  11. Aoki, K., Yano, K., Suda, K., Suzuki, T., Watanabe, M., Tsugane, T., Sakurai, N., Suzuki, H., Shibata, D.(2007) Full-length cDNA sequences from tomato (Solanum lycopersicum cv Micro-Tom) fruit and leaves. 1943件の矮性トマト品種マイクロトムの葉と果実に由来する完全長cDNA登録. Acc. AK246135 - AK248077.
  12. Aoki, K., Yano, K., Suda, K., Suzuki, T., Sakurai, N., Suzuki, H., Takahashi, H., Watanabe, Y., Arie, T., Ichinose, Y., Kodama, M., Ezura, H., Shibata, D.(2006) Full-length cDNA sequences from tomato (Solanum lycopersicum cv Micro-Tom) leaves treated with pathogens. 30,679件の矮性トマト品種マイクロトムの病原微生物を接種した葉EST登録. Acc. DB678295 - DB708973.
  13. Aoki, K., Yano, K., Suda, K., Suzuki, T., Sakurai, N., Suzuki, H., Narita, T., Shin-i, T., Kohara, Y., Shibata, D. (2006) Full-length cDNA sequences from tomato (Solanum lycopersicum cv Micro-Tom) fruit. 18,697件の矮性トマト品種マイクロトムの果実由来のEST登録. Acc. DB708974 - DB727670.
  14. Aoki, K., Yano, K., Suda, K., Suzuki, T., Watanabe, M., Tsugane, T., Sakurai, N., Suzuki, H., Shibata, D.(2006) Sequences of full-length cDNA clones from tomato (Solanum lycopersicum cv Micro-Tom) fruit. 320件の矮性トマト品種マイクロトムの果実完全長cDNA配列公開. Acc. AK224591 - AK224910 July. 2006.
  15. Sakurai, N., Yano, K., Nishida, H., Namai, K., Sakai, Y., Suzuki, H., Shibata, D. (2006) Database of Expressed sequence tags from a Legume, Lotus corniculatus var. japonicus. 39,008件のミヤコグサのEST公開. Acc. BW594281 - BW633288 Apr. 2006.
  16. Tsugane, T., Watanabe, M., Yano, K., Suzuki, H., Sakurai, N., Shibata, D. (2005) Expressed sequence tags of full-length cDNA clones prepared from the laboratory-grown miniature tomato (Lycopersicon esculentum) cultivar Micro-Tom. 8,046件の矮性トマト品種マイクロトムの完全長cDNAクローンのEST公開. Acc. BW684914 - BW692959 Apr. 2005.
  17. Tsugane, T., Watanabe, M., Yano, K., Suzuki, H., Sakurai, N., Shibata, D. (2005) Expressed sequence tags of full-length cDNA clones from the miniature tomato (Lycopersicon esculentum) cultivar Micro-Tom. 矮性トマト品種マイクロトムの9個の遺伝子の完全長DNA配列とアミノ酸配列. Acc. AB211518 - AB211526 Apr. 2005.
  18. Yamamoto, N., Tsugane, T., Watanabe, M., Yano, K., Maeda, F., Kuwata, C., Moez, T., Nishimura, S., Shibata, D. (2005) Expressed sequence tags from the laboratory-grown miniature tomato (Lycopersicon esculentum) cultivar Micro-Tom and mining for single nucleotide polymorphisms and insertions/deletions in tomato cultivars. 35,824件の矮性トマト品種マイクロトムのEST公開. Acc. BP875611 - BP911434 Jan. 2005.

教員紹介

Posted by: kyanobi

矢野 健太郎 (やの けんたろう)
mail: kyano_at_meiji.ac.jp ("_at_"を"@"に置き換えてください)

■所属
明治大学 農学部 生命科学科 バイオインフォマティクス研究室

■身分
明治大学農学部・教授

■研究分野
バイオインフォマティクス、システムズ・バイオロジー、遺伝子配列解析、遺伝子発現解析、データベース構築、植物育種学、集団遺伝学、生物統計学

■研究テーマ
・シロイヌナズナやイネなどの植物・農作物、ヒトなどのオミックス情報解析
 ゲノム配列解析、cDNA(EST)解析、遺伝子発現解析、代謝パスウェイ解析
・オミックス解析手法の開発(統計手法の開発、ソフトウェア構築)
 網羅的な遺伝子発現情報解析と視覚化など
・自然言語処理による遺伝子の機能アノテーション解析
・オミックス情報を提供するWebデータベースの構築

■業績など
発表論文・総説・外的資金・受賞歴など

■遺伝情報データベース
一覧

■所属学会
日本育種学会
日本植物細胞分子生物学会
日本植物生理学会
園芸学会
日本分子生物学会、
日本バイオインフォマティクス学会

■略歴
学位
2000年3月 京都大学博士(農学) 登録番号 課程博士第1101号
A theoretical study on the optimization of mass selection in outcrossing crop plants
(他殖性作物における集団選抜法の最適方式に関する理論的研究)

学歴
1986年3月 大阪府立豊中高校卒業
1986年4月 京都大学農学部農業工学科入学
1990年3月 京都大学農学部農業工学科卒業
1990年4月 京都大学大学院農学研究科農業工学専攻修士課程入学
1992年3月 京都大学大学院農学研究科農業工学専攻修士課程修了
1992年4月 京都大学大学院農学研究科農業工学専攻博士課程進学
1995年3月 京都大学大学院農学研究科農業工学専攻博士課程退学
1995年4月 京都大学大学院農学研究科農学専攻修士課程入学
1997年3月 京都大学大学院農学研究科農学専攻修士課程修了
1997年4月 京都大学大学院農学研究科農学専攻博士課程進学
2000年3月 京都大学大学院農学研究科農学専攻博士課程修了

研究歴・職
2000年 4月 ~ 2001年10月 京都大学大学院農学研究科研修員
2001年11月 ~ 2003年 7月 CREST(科学技術振興事業団戦略的基礎研究) 博士研究員
2003年 8月 ~ 2006年11月 かずさDNA研究所NEDO基盤研究室 博士研究員
2006年 6月 明治大学農学部生命科学科・分担制講義「バイオインフォマティクス」非常勤講師
2006年12月 ~ 2007年 3月 東京大学大学院農学生命科学科・アグリバイオインフォマティクス人材養成ユニット・特任助手
2007年 4~5月 明治大学農学部生命科学科・分担制講義「バイオインフォマティクス」非常勤講師
2007年 4月 ~ 2008年 3月 東京大学大学院農学生命科学科・アグリバイオインフォマティクス人材養成ユニット・特任助教
2008年 4月 ~ 2011年 3月 明治大学農学部生命科学科バイオインフォマティクス研究室・専任講師
2008年 4月 ~ 前橋工科大学工学部生物工学科・非常勤講師
2008年 4月 ~ 2012年 3月 静岡大学農学部・非常勤講師
2008年 4月 ~ 2009年 3月 東京大学大学院農学生命科学研究科・非常勤講師
2008年10月 ~ 2009年 3月 名古屋大学大学院生命農学研究科・非常勤講師
2010年度 東京大学大学院農学生命科学研究科・非常勤講師
2010年度 名古屋大学生物機能開発利用研究センター・国内客員准教授(非常勤講師)
2010年度 栃木県農業試験場・研究アドバイザー(平成22年)
2011年 4月 ~ 2016年 3月 明治大学農学部生命科学科バイオインフォマティクス研究室・准教授
2016年 4月 ~ 明治大学農学部生命科学科バイオインフォマティクス研究室・教授

■所属機関外での教育活動
  1. 東京大学大学院 ・ 非常勤講師 2010年度~現在に至る アグリバイオインフォマティクス
  2. 東京大学大学院 2008年度 アグリバイオインフォマティクス 「リテラシーI」, 「リテラシーII」 (分担制講義)
  3. 前橋工科大学 2009年度~現在に至る 「生物情報学演習I」, 「生物情報学演習II」 集中講義
  4. 前橋工科大学 2008年度 「生物情報学演習I」 集中講義
  5. 静岡大学農学部 2008年度~2011年度 「植物ゲノム科学」 (分担制講義)
  6. 名古屋大学生物機能開発利用研究センター ・ 国内客員准教授 (非常勤講師) 2010年度
  7. 名古屋大学農学部 2008年度 「ゲノム情報科学特論」 集中講義
  8. 明治大学農学部生命科学科 2007度 分担制講義 「バイオインフォマティクス」
  9. 明治大学農学部生命科学科 2006年度 分担制講義 「バイオインフォマティクス」


■研究会, メーリング ・ リスト世話人
  1. 日本植物生理学会 第48回 年会 「データベース講習会」, 2007年3月~現在に至る
  2. 日本育種学会グループ研究集会 Breeding Informatics, 2006年3月~現在に至る
  3. Phytoinformatics 植物を研究題材として扱う会員を中心としたインフォマティクスに関するメーリングリスト, 2006年3月~現在に至る (会員数399名, 2006年8月現在) 参加はこちらから


■その他 ・ 学会活動
  1. 日本植物細胞分子生物学会・代議員 (2016年-2018年)
  2. JST さきがけ 「フィールドにおける植物の生命現象の制御に向けた次世代基盤技術の創出」 領域アドバイザー (2015年7月-)
  3. Editorial Board of PeerJ誌 (2015年7月-)
  4. 日本植物生理学会・評議員 (2014年-2015年)
  5. 日本育種学会・幹事 (2014年-2015年)
  6. Plant and Cell Physiology編集実行委員 (2013年1月-)
  7. ライフサイエンスデータベース統合推進事業 ・ アドバイザリー委員 (2012年9月26日-)
  8. PLOS ONE誌 Academic Editor (2012年7月-)
  9. Plant Biotechnology (日本植物細胞分子生物学会) 編集委員 (2012年4月-現在に至る)
  10. Editorial Board of Frontiers in Plant Systems Biology 編集委員 (2012年4月-現在に至る)
  11. 日本植物細胞分子生物学会 ・ 幹事 (2012-2013年)
  12. 国際学会 : SOL & ICuGI 2011 joint conference (2011年10月16-20日 つくば) 大会運営委員
  13. Plant and Cell Physiology編集委員 (2011年1月-2012年12月)
  14. Chem-Bio Informatics Journal編集委員 (CBIジャーナル編集委員 2011年度-現在に至る)
  15. Plant and Cell Physiologyゲストエディター (2010年8月-2010年12月)
  16. 日本植物細胞分子生物学会 ・ 評議員 (2010-2011年, 2014-2015年)
  17. 栃木県農業試験場 ・ 研究アドバイザー (2010年度)
  18. 第112回日本畜産学会 (2010年3月, 明治大学) ・ 大会運営委員
  19. JSOL運営委員会・委員 (2009-2010 平成21年度, 2014-)
  20. Advisory board of Chem-Bio Informatics Journal (CBIジャーナル編集委員 2009年度)
  21. 東京大学大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット 植物インフォマティクス ・ フォーラム
  22. 文部科学省・ナショナルバイオリソースプロジェクト(トマト) 「トマト」運営委員会・運営委員 (2007年10月-), 副委員長(2012年10月-)

リンク

Posted by: kyanobi

●明治大学
大学
農学部
生命科学科

●塩基・アミノ酸配列データベース
DDBJDNAデータバンク
EMBLDNAデータバンク
GenBankDNAデータバンク
INSDC国際塩基配列データベース(DDBJ、EMBL、GenBank)
UniProtKBアミノ酸配列データベース

●ゲノム・プロジェクトとアノテーション
NCBI BioProjectゲノム・プロジェクト
GOLDゲノム・プロジェクト
JGI Genome Projectsゲノム・プロジェクト
BGIゲノム・プロジェクト
TAIRシロイヌナズナのゲノムなどのオミックス情報
1001 Genomesシロイヌナズナの1001系統のゲノム解読プロジェクト
RAP-DBイネのゲノム・アノテーション
Rice Genome Annotation Projectイネのゲノム・アノテーション
Rice Genome Annotation Projectイネのオミックス情報のリンク
The Oryza Map Alignment Project (OMAP)野生イネのゲノム情報
GRAMENEイネ科植物の比較ゲノム情報
Phytozomeポプラ、ダイズなどを含む植物種のゲノム情報
MaizeGDBトウモロコシのゲノム情報
Sol Genomics Network (SGN)トマトのゲノムやEST、ナス科植物のオミックス情報
Kazusa Tomato Genomics Databaseトマトのゲノム情報
Potato Genome Sequencing Consortium (PGSC)ジャガイモのゲノム情報
Medicago truncatula HAPMAP PROJECTタルウマゴヤシのゲノム情報
miyakogusa.jpミヤコグサのゲノム情報
Legume Information System (LIS)マメ科植物の比較地図など
Genome Database for Rosaceae (GDR)モモ、リンゴなどのゲノム情報
IWGSCコムギの物理地図とゲノム解読プロジェクト
Cucurbit Genomics Databaseキュウリのゲノム情報やウリ科のオミックス情報
Cucumber Genome DataBaseキュウリのゲノム情報
International Citrus Genome Consortiumカンキツのゲノム、cDNA、実験リソースなどの情報

●オーソログデータベース
InParanoid7100生物種のオーソログ
OrthoMCL DB138種のゲノムのオーソログ
Plaza23種の緑色植物ゲノムのオーソログ
Plant Gene Family Databaseイネ、ソルガム、トウモロコシ、シロイヌナズナのオーソログ
COGsモデル生物のオーソログ
PGDBj20生物種のオーソログ

●ESTと完全長cDNA
NCBI dbESTINSDCに登録されているEST情報
DFCI Gene IndexESTとunigene
NCBI UniGeneESTとunigene
HarvESTオオムギやコムギ、イネ、ダイズ、カンキツなどのEST
SIGnALシロイヌナズナの完全長cDNA、EST、T-DNA
RARGEシロイヌナズナの完全長cDNA、トランスポゾン変異体
Arabidopsis Full-Length Clone Database Searchシロイヌナズナの完全長cDNA
KOMEイネの完全長cDNA
KOMUGIコムギのcDNA、マーカー、系統
MiBASEトマトのEST、unigene、代謝パスウェイ、発現ネットワーク
KaFTomトマトの完全長cDNAとゲノム・アノテーション
SoyBaseダイズのゲノムなどのオミックス総合データベース
Lotus japonicus EST indexミヤコグサのEST
Cucurbit Genomics Databaseウリ科のEST、代謝パスウェイ、マーカー、遺伝地図など
CAES Genomics Facilityシトラス属、サクラ属、リンゴ、ブドウ、クルミのEST
Poplar full-length cDNA clone Database Searchポプラの完全長cDNA
Cassava Online ArchiveキャッサバのESTとアノテーション
RIKEN-CIAT Cassava full-length clone Database Searchキャッサバの完全長cDNA

●遺伝子発現
Gene Expression Omnibusマイクロアレイなどの遺伝子発現データ
CIBEXマイクロアレイ、SAGEによる遺伝子発現データ
ArrayExpressマイクロアレイ、NGSによる遺伝子発現データ
NCBI Sequence Read Archive (SRA) NGSによる配列情報
ENANGSによる配列情報
DDBJ Sequence Read Archive (DRA)NGSによる配列情報
NASCArraysシロイヌナズナのマイクロアレイ実験データ
TAIR Microarray data from AtGenExpressシロイヌナズナのマイクロアレイ実験データ
ATTED-IIシロイヌナズナの共発現ネットワーク
CSB.DBシロイヌナズナなどの遺伝子の共発現データ
Next-Gen Sequence Databasesイネやシロイヌナズナなどの遺伝子発現データ
OryzaExpressイネの遺伝子発現ネットワークやアノテーション
TOMATO FUNCTIONAL GENOMICS DATABASEトマトのマイクロアレイや代謝産物、small RNAの情報
miRBasemicroRNAの配列やゲノム上の位置、文献など

●代謝パスウェイと質量分析データ
KEGG PATHWAY DatabaseKEGGの代謝パスウェイ情報
MetaCycモデル生物種の代謝パスウェイの統合情報
Plant Metabolic Networkモデル植物の代謝パスウェイの統合情報
TAIR AraCycシロイヌナズナの代謝パスウェイ
RiceCycイネの代謝パスウェイ
GRAMENE Plant Metabolic PathwaysSorghumCyc(ソルガムの代謝パスウェイ)などへのリンク
GRAMENE LycoCycトマトの代謝パスウェイ
SolCycナス科の代謝パスウェイ
KaPPA-View4代謝パスウェイと発現解析の統合情報
BioModels Database生化学と細胞システムの解析モデル
IntActタンパク質相互作用
Reactomeヒトやシロイヌナズナ、イネなどの代謝パスウェイ
Rhea生化学反応の化合物や構造式、反応式など
PRIMeマススペクトルやシステムズ・バイオロジーなど
GOLM METABOLOME DATABASEマススペクトルや化合物など
MassBankマススペクトルやピーク検索、化合物など
KNApSAcKマススペクトルや代謝産物など
BRENDA酵素の名前や構造、基質、代謝産物など
IUBMB酵素のEC番号や機能など

●オントロジー
the Gene OntologyGene Ontology(GO)コンソーシアムのWebサイト
AmiGOGO termと遺伝子産物のアノテーション情報
Plant Ontology Consortium植物の形態、成長などのオントロジー
DAGVizGOのDirected Acyclic Graph情報とビューワー
GOEASTGO termの統計解析ツール


●実験リソースやwebデータベースの情報
Oryzabaseイネの実験リソースや文献、遺伝子などの総合データベース
SHIGEN遺伝資源に関する実験材料リソースやデータベースのリスト
The SABRE DB植物実験リソースの総合データベース
Experimental Plant Divisionシロイヌナズナやポプラなどの実験リソース(cDNAクローンなど)
INRA BRC-MTRタルウマゴヤシのバイオリソース
RevGenUKミヤコグサのバイオリソース
NBRP Legume BaseミヤコグサとダイズのcDNAやバイオリソース

●解析ツールやWebデータベースのリンクなど
Nucleic Acids Research Database Collection主要webデータベースのリンク
Bioinformatics Links Directoryウェブツールなどのリンク
BLASTNCBI BLASTのプログラムとデータベースの入手先
BLATBLAT入手ページ(Executablesのリンクからダウンロード)
EMBL-EBI Bioinformatics servicesタンパク質のモチーフやドメイン検索
NGSLibNGS解析ツールのリンク
SEQanswersNGS解析の情報リソース
SEQanswers wikiNGS解析ツールのリンク
DDBJ Read Annotation PipelineNGSのデータ登録と解析のためのパイプライン
SoftBerryFgeneshなどのツールのリンク
est2genomeアライメント・ツール
Spideyアライメント・ツール
GENSCANab initio遺伝子構造予測プログラム
GeneMarkab initio遺伝子構造予測プログラム
CLUSTER 3.0遺伝子発現解析ツール
Java TreeView階層的クラスタリング結果を表示するツール
Subio Platform商用の発現解析ソフトウェア
GeneSpring GX商用の発現解析・パスウェイ解析ソフトウェア

●PerlとRの提供サイト
The Perl Programming LanguagePerlのダウンロードサイト
BioPerl生物系のためのPerlプログラム
The Comprehensive R Archive Network (CRAN)統計処理ソフトRのパッケージ
BioconductorRで使用できるバイオインフォマティクス・ツール
R-Tips統計処理ソフトRの解説

●統合データベースやその他のサイト
Codon Usage Database生物種別のコドンの使用頻度
KATANAシロイヌナズナ遺伝子のアノテーション情報
統合データベースプロジェクトデータベースの統合化や利用促進のためのプロジェクト
Integbio Database Catalog生命科学系のデータベースのリンク
統合TV主要なデータベースやツールの使用法の紹介など
Allie生命科学分野で使用される用語とその略語
ライフサイエンス辞書プロジェクト生命科学分野の専門用語辞書