明治大学 農学部 生命科学科・バイオインフォマティクス研究室では、農業や医薬工業の発展と自然環境保護を大きな目標として、実学としてのシステムズ・バイオロジー研究の基盤整備と応用研究を展開しています。 特に、（１）トランスクリプトーム、メタボローム、プロテオームなどの網羅的なマルチ・オミックス解析による遺伝子の探索と機能推定、（２）遺伝子の発現制御機構と制御ネットワークを解明するための手法開発と網羅的探索、（３）マルチ・オミックス情報を解析するための統計手法とソフトウェア開発、（４）文献テキスト情報から遺伝子機能に関わる知識情報を集積するための自然言語処理技術の開発と知識ベースの構築、（５）オミックス情報と知識情報を社会に発信するためのWebデータベースの構築・運営を実施しています。
研究解析対象は、シロイヌナズナ、藻類、シダ植物などのモデル植物、イネ、コムギなどの穀物、トマトなどの蔬菜、果樹、樹木、花卉などの農作物、ヒト（主に癌疾患）など多岐に渡ります。たとえば、植物界のゲノムや遺伝子、酵素などの種間比較解析や機械学習を行うことで、有用遺伝資源探索やオミックス情報を用いた表現型予測などを実現する研究を進めます。これらには、当研究室が単独で行う専門研究だけではなく、国内外の研究機関との協調体制の下で実施する最先端研究も多く含まれます。
また、研究を推進する上で、Linuxを搭載した大規模解析サーバーや端末、各種コンピューター言語（Perl、PHP、SQL、Python、Java、Rなど） を活用しており、バイオインフォマティシャンやデータ・サイエンティストの養成を推進します。大学院進学やPD、技術員としての着任など、バイオインフォマティクス研究にご興味のある方は、どうぞご連絡ください。
・お問い合わせ： 矢野健太郎 [kyano_at_isc.meiji.ac.jp（_at_はアット）]宛にメールを送信ください。
CA_Plot_Viewer配布ページ（パスワード要）
http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/CA_Plot_Viewer/index.php
Contact Dr. Kentaro Yano to get the GUI software 'CA_Plot_Viewer'.
For academic users, 'CA_Plot_Viewer' is available for free.
For commercial users, the software is also available under a contract. Please contact Dr. Yano for utilization.
'CA_Plot_Viewer (beta version)' assists to detect new genes with analyses of gene expression profiles and functional annotations.
The current version of CA_Plot_Viewer can perform our developed analysis methods, based on correspondence analysis (CA), in PCs (Win, Mac, Linux etc.).
CA_Plot_Viewer summarizes your large-scale expression data with a low-dimensional projection.
Contact Information : Dr. Kentaro Yano (kyano_at_isc.meiji.ac.jp, please replace '_at_' by the symbol)
新着情報
2020.8.7
NEDOプロジェクトの成果がNature誌より紹介されました。
Nature, Volume 584 Issue 7819, 6 August 2020
Focal Point | 05 August 2020
Focal Point on Synthetic Biology in Japan
Countries around the world are pouring research funding into how to make industrially useful products using microbes and plant cells.
Improved gene-editing precision to boost Japan’s bioeconomy
2019.10.8
岐阜大学応用生物科学部の修士二年生羽賀夏子さん、同学部山根京子准教授、静岡県農林技術研究所伊豆農業研究センターわさび生産技術科馬場富二夫科長との共同研究により、日本のワサビ属植物のルーツを、葉緑体全ゲノム解読から明らかにしました。
本研究成果は，英国の国際誌「Scientific Reports」（電子版）2019年10月7日付（日本時間午後６時）に掲載されます。
岐阜大学 植物遺伝育種学 ワサビ属植物系統保存 (山根研究室)
明治大学（プレスリリース）
《論文情報》
Complete chloroplast genome sequence and phylogenetic analysis of wasabi (Eutrema japonicum) and its relatives
Natsuko Haga, Masaaki Kobayashi, Nana Michiki, Tomoyuki Takano, Fujio Baba, Keiko Kobayashi, Hajime Ohyanagi, Jun Ohgane, Kentaro Yano & Kyoko Yamane
Scientific Reports volume 9, Article number: 14377 (2019) DOI:10.1038/s41598-019-49667-z
2018.9.21
テントウムシの多様な翅の斑紋（模様）を決定する遺伝子の特定に成功しました。今回の成果は、進化の過程で多様性が遺伝子レベルで生じるメカニズムの普遍的な原理の解明に繋がることが期待されます。本研究は、基礎生物学研究所進化発生研究部門の安藤俊哉助教と新美輝幸教授らのグループを中心として、東京工業大学の伊藤武彦教授らのグループ、基礎生物学研究所の重信秀治特任准教授らのグループ、明治大学の矢野健太郎教授らのグループ、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授らのグループ、東京大学の鈴木穣教授らのグループからなる共同研究チームにより実施され、成果はNature Communicationsに2018年9月21日に掲載されました。
《論文情報》
Repeated inversions within a pannier intron drive diversification of intraspecific colour patterns of ladybird beetles
Toshiya Ando, Takeshi Matsuda, Kumiko Goto, Kimiko Hara, Akinori Ito, Junya Hirata, Joichiro Yatomi, Rei Kajitani, Miki Okuno, Katsushi Yamaguchi, Masaaki Kobayashi, Tomoyuki Takano, Yohei Minakuchi, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Kentaro Yano, Takehiko Itoh, Shuji Shigenobu, Atsushi Toyoda, and Teruyuki Niimi
Nature Communications 9, Article number: 3843 (2018) DOI:10.1038/s41467-018-06116-1
2016.4.26
奈良先端科学技術大学院大学との共同研究においてトマトの毒性成分であるトマチンの蓄積量をコントロールする遺伝子の発見に貢献しました
明治大学（ニュース）
奈良先端科学技術大学院大学（プレスリリース）
奈良先端科学技術大学院大学（NEWS & TOPICS）
サイエンスポータル
2015.8.13
Arabidopsis TAC Position Viewer, here.
かずさDNA研究所（研究成果）
2015.8.07
The new version of TOMATOMICS (β Version), here.
2014.1.22
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2013年度連合駿台会学術奨励賞を授賞しました ＜審査対象＞ 1) The Tomato Genome Sequence Provides Insights into Fleshy Fruit Evolution. Nature 485 : 635-641. 2) Webデータベース TOMATOMICS |
2013.8.10
明治大学・科学技術研究所シンポジウム
「大規模オミックス情報解析がもたらす生命科学の新たな展開」
日時：2013年9月2日 9：45～17：00
場所：明治大学・生田キャンパス
主催：明治大学・科学技術研究所（農学部・バイオインフォマティクス研究室）
後援：文部科学省科学研究費補助金「新学術領域研究」ゲノム・遺伝子相関
2013.7.28
現在、技術員（フルタイム、アルバイト、パート）、ポスドク、SEを募集しています。
生物系（特に、植物分野出身）または情報系の大学卒業者以上であれば、バイオインフォマティクス未経験者でも応募可能です。
http://jrecin.jst.go.jp/seek/SeekJorDetail?fn=0&id=D113080208&ln_jor=0
2012.5.31
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トマト・ゲノム解読の共同研究成果がNature（2012年5月31日号）に掲載されました。
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The high quality genome sequence of domesticated tomato was published from Nature in this week (May 31th, 2012). ...More >> |  |
論文情報：The Tomato Genome Consortium (2012) The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution, Nature 485, 635-641.
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